در اوایل دهه 50 به دلیل مبارزات جدی آیت الله مومن، حکم تبعید وی صدر می‌شود. چنانکه خود می‌گوید: در سال 1352، 25 تن از علمای قم تبعید شدند و نام بنده هم در شمار آن 25 نفر بود. تشخیص رژیم این بود كه این 25 نفر در مبارزات شاهستیزانه و پیگیری نظرات حضرت امام نقش دارند. لیست این افراد در اسناد ساواك موجود است… مردادماه بود و مأموران در اول شب برای دستگیری من به منزل آمدند ولی حضور نداشتم و به منزل ابوی رفته بودم. در آن مقطع، احمدِ ما چهار، پنج ساله بود و به مأموران گفته بود كه بابایم به منزل پدربزرگم رفته است. مأموران به منزل ابوی ما آمدند. اخوی ما در آن ایام طلبه مبتدی بود و در مدرسه آقای گلپایگانی درس می‌خواند و در منزل پدرم بود. مأموران دم در آمدند و گفتند: «آقای مؤمن منزل هستند؟»
وقتی این مطلب را به من گفتند من پیش خودم حساب كردم كه اگر مأموران با من كار داشتند كه به منزل خودم مراجعه می‌كردند. تصور كردم با اخوی كار دارند. به ایشان گفتم كه دم در برود. وقتی اخوی در را باز كرده بود، دست ایشان را گرفتند و با خود بردند. البته بعداً دیدند كه از نظر سنی و نام كوچك، خصوصیاتِ كسی كه دنبالش هستند، با اخوی تطبیق نمی‌كند. به ایشان گفته بودند: «اسمت چیست؟» گفته بود: «علی» گفته بودند: «ما محمد را می‌خواهیم». ایشان هم بدون اینكه متوسل به دروغ شود،منزل ما را نشان داده بود. بعد به من گفت: «داداش! از ساواك آمده بودند و سراغ شما را می‌گرفتند».
در آن حال بنده بالای بام رفتم. تابستان بود و هوای بام مناسب بود. ابوی گفتند كه نباید شب به خانه بروی. در بالای بام بودم كه سروصدا شد و مأموران ریختند داخل منزل. به لحاظ اینكه منزل دو در داشت، خیال كرده بودند كه من از در دیگر خارج شده‌ام. لذا بالای بام نیامدند. به همین شكل در حال اختفا بودم و از آن حالت نیز استفاده می‌كردم. آقای انصاری شیرازی هم نامش در لیست بود و به دلایلی موقتاً به چنگ مأموران نیفتاد و تنها 23 نفر از آن 25 تن دستگیر و تبعید شدند.
بنده قدری در اختفا به‌سر بردم و در منزل آقای ابوی گذران می‌كردم. ناچار شدم كه مباحثات علمی‌خارج از منزل را هم تعطیل كنم. در این حال فرصتی برای بحث اسفار به وجود آمد. شاید روزی دو مباحثه مفصل بر مبنای كتاب اسفار را در منزل انجام می‌دادیم. این وضعیت تا نوروز سال 1352 به طول انجامید.
بنده البته گاه به خارج از منزل رفت‌وآمد می‌كردم. چیزی كه برای من از آن ایام خشنودكننده است، این است كه توانستم مباحثهكتاب اسفار ملاصدرا را به پایان ببرم و وقتی این اتمام صورت گرفت، دیگر باكی از دستگیرشدن نداشتم. همین‌طور هم شد و در هجدهم یا نوزدهم فروردین 1353 سراغ من آمدند. وقتی بنده را به زندان شهربانی منتقل كردند، مشاهده كردم كه حاج آقای انصاری را نیز به زندان آوردند و ما یك شب با هم بودیم. روز بعد بنده را به شهداد كرمان و ایشان را به كوهدشت تبعید كردند.
محل تبعید بنده «شهداد» كرمان بود. منتها محل تبعید دیگر افرادی را كه با هم تبعید شده بودیم، عوض شد. ما حدود هفت ماه در «شهداد» بودیم و بقیه مدت تبعید را كه ظاهراً دو سال و خرده‌ای بود در تویسركان گذراندیم. تا روز آخر هم كه هجدهم یا نوزدهم فروردین 56 بود، در تبعید به‌سر بردیم و هیچ‌گونه تخفیفی به ما ندادند.